mitogenomeAssembleAnnotataion

真菌线粒体基因组的组装及注释

最近在做真菌基因组的组装注释工作，发现之前组装的线粒体基因组有点问题(基因注释只注释出来 rRNA，长度也不太对)，然后重新组装注释一下。主要还是利用NCBI上已有的Alternaria mitochondrion做为参考序列进行组装。

0.环境的配置

conda create -n mitogenome sra-tools fastp -y -c bioconda
conad activate mitogenome

# MITGARD 用来有参拼接线粒体基因组
# MITGARD： https://github.com/pedronachtigall/MITGARD
cd /data/chaofan/software/
git clone https://github.com/pedronachtigall/MITGARD.git
cd MITGARD/bin

# 加入PATH 运行过程中需要依赖到一些脚本文件，不放入PATH会报错
export PATH="/data/chaofan/software/MITGARD/bin:$PATH"

# MITGARD有好几个软件依赖 不装用不了
# 依赖的软件自行配置，都能通过conda安装

特别注意， MITGARD.py、msa2consensus.py、sam2msa.py、RearrangementCheck.py 这几个脚本的解释器地址要改成当前环境的python解释器，不然会报错。 把脚本文件的第一行从/usr/bin/python 改成/usr/bin/env python。

1.数据的下载及预处理

# prefetch 和 fastq-dump都属于sra-tools工具包，直接conda安装就好了
prefetch SRR12578435 -O ./

# 解压sra文件为fastq
fastq-dump --split-3 SRR12578435/SRR12578435.sra

# fastp 去除接头及低质量碱基
fastp -i SRR12578435_1.fastq -o SRR12578435_f1.fastq -I SRR12578435_2.fastq -O SRR12578435_r2.fastq --thread=4 --length_required=40 -j SRR12578435.json

# ncbi上线粒体基因组就自己手动下载了

2.MITGARD 组装线粒体基因组

软件运行很简单，前面的注意事项弄完一般就不太会报错了。

/data/chaofan/software/MITGARD/bin/MITGARD.py -s Z7 -1 SRR12578435_f1.fastq -2 SRR12578435_r2.fastq -R PN2.fa

Z7_mitogenome.fa就是我们的结果文件了，简单的less查看一下，看看是否有大量的N，有大量N就不行了，可能是你选的参考线粒体基因组不对。

3.MITOS在线注释线粒体基因组

MITOS的使用非常简单，这里选择真菌，密码子表选择4就好了。速度也非常快，毕竟线粒体基因组才50Kbp长，基因也非常保守。