慢慢沉淀下来
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20250624 20250624
  唉,真的倒霉!和喜欢的女孩子断断续续聊了1个月,她突然来一句以后想找个中医,绝了!昨天本来我生日来着,又来一句”以后少交流就好”,真是独特的生日礼物呢?就这样吧,随缘了。  记错了,我妈说我生日是
2025-06-24 zhangchaofan
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hzau_RNA-seq hzau_RNA-seq
pre { overflow-y: auto; max-height: 900px; } 流程总览: 本流程参考华中农业大学李国亮老师的课程PPT,旨在提供一个打包好的pipeline,一行命令进行转录组数据的分析。 0. 环
2025-06-02 zhangchaofan
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Read Fasta File Read Fasta File
  我们在平时的工作中经常会遇到对生物序列进行提取或修改,不管是基因组DNA序列还是编码蛋白序列,它们都是fasta格式。一般都是将fasta序列存储为dict格式再进行操作,下面就介绍下我常用或遇到的一些处理方式: 1
2025-01-09 zhangchaofan
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GATK_time_compare GATK_time_compare
  事情的起因主要是群里有老哥说INTEL的CPU(有avx512指令集)在用GATK call SNP的时候比AMD(EPYC3代 没有avx512指令集)快8-15倍,直接把我震惊到了。买INTEL,赢在起跑线.jp
2024-12-14 zhangchaofan
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Variational_AutoEncoders Variational_AutoEncoders
import pickle import datasets # windows 本地下载并保存 # minist = load_dataset("mnist") # with open("minist_dataset.pkl", "wb"
2024-12-12 zhangchaofan
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GROMACS_complex_system GROMACS_complex_system
  在一般的分子动力学模拟体系中,都是在研究相互作用,比如蛋白-蛋白,蛋白-分子和蛋白-细胞膜等。所以我们会将不同的分子组合到一起。 # raw_data wget http://www.mdtut
2024-11-02 zhangchaofan
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GROMACS_files GROMACS_files
1.GROMACS TOP文件TOP文件(也称为拓扑文件),用于定义分子系统的拓扑结构和力场参数。TOP文件包含了分子系统的原子类型、键合类型、非键合相互作用参数等信息,是进行分子动力学模拟的基础。TOP文件由多个部分组成,每个部分定义了不
2024-11-01 zhangchaofan
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Install_GROMACS_GPU Install_GROMACS_GPU
GROMACS的安装conda create -n GROMACS conda activate GROMACS conda install cmake -y conda install gcc=12 gxx=12 -c
2024-11-01 zhangchaofan
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GPT_fine_tuning GPT_fine_tuning
1 | Downloading and unzipping the datasetimport os import json import urllib.request import zipfile import numpy as n
2024-10-29 zhangchaofan
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