我们在平时的工作中经常会遇到对生物序列进行提取或修改，不管是基因组DNA序列还是编码蛋白序列，它们都是fasta格式。一般都是将fasta序列存储为dict格式再进行操作，下面就介绍下我常用或遇到的一些处理方式： 1

  事情的起因主要是群里有老哥说INTEL的CPU(有avx512指令集）在用GATK call SNP的时候比AMD(EPYC3代 没有avx512指令集)快8-15倍，直接把我震惊到了。买INTEL，赢在起跑线.jp

import pickle import datasets # windows 本地下载并保存 # minist = load_dataset("mnist") # with open("minist_dataset.pkl", "wb"

  在一般的分子动力学模拟体系中，都是在研究相互作用，比如蛋白-蛋白，蛋白-分子和蛋白-细胞膜等。所以我们会将不同的分子组合到一起。 # raw_data wget http://www.mdtut

1.GROMACS TOP文件TOP文件（也称为拓扑文件），用于定义分子系统的拓扑结构和力场参数。TOP文件包含了分子系统的原子类型、键合类型、非键合相互作用参数等信息，是进行分子动力学模拟的基础。TOP文件由多个部分组成，每个部分定义了不

GROMACS的安装conda create -n GROMACS conda activate GROMACS conda install cmake -y conda install gcc=12 gxx=12 -c

1 | Downloading and unzipping the datasetimport os import json import urllib.request import zipfile import numpy as n

GPT架构总览如下图所示，我们这里简单创建了一个GPT模型，它是ChatGPT的基础架构。 import tiktoken import torch import torch.nn as nn from torch.utils.data

原始的AlphaFold2需要docker环境，目前我们服务器还没有配置docker，就先用conda环境替代吧。 1.软件下载git clone https://github.com/kalininalab&

  最近课题组新到了一台8卡GPU服务器，为了更有效的利用计算资源，准备安装一个slurm任务提交系统。 cat /etc/os-release NAME=”CentOS Linux”VERSION