这是一个交链孢霉属物种三代Nano数据基因组组装注释流程
这篇博客基于前面那个二代数据组装注释的博客,所以很多细节直接省略了,这里只是简单记录三代Nano数据的组装过程。
0.环境准备
环境准备是最头疼的过程。后面再看有没有时间单独讲一下FunGAP的环境配置。
conda install NanoFilt -c bioconda
git clone https://github.com/Nextomics/NextDenovo.git
pip install paralleltask
cd NextDenovo && make
wget https://github.com/broadinstitute/pilon/releases/download/v1.24/pilon-1.24.jar