在一般的分子动力学模拟体系中，都是在研究相互作用，比如蛋白-蛋白，蛋白-分子和蛋白-细胞膜等。所以我们会将不同的分子组合到一起。
# raw_data
wget http://www.mdtutorials.com/gmx/biphasic/Files/chx.gro
wget http://www.mdtutorials.com/gmx/biphasic/Files/chx.top
# 512 (8^3) cyclohexane molecules
gmx genconf -f chx.gro -nbox 8 8 8 -o chx_box.gro
# build box 同时指定chx_10ns的中心位置
http://www.mdtutorials.com/gmx/biphasic/Files/chx_10ns.gro
gmx editconf -f chx_10ns.gro -o chx_newbox.gro -box 4.30795 4.30795 8.6159 -center 2.153975 2.153975 2.153975
# add water
gmx solvate -cp chx_newbox.gro -cs spc216.gro -p chx.top -o chx_solv.gro
# 创建一样大小盒子，并将蛋白放置到指定位置
wget https://files.rcsb.org/view/1AL1.pdb
# pdb2gro
gmx editconf -f 1AL1.pdb -o 1AL1.gro
gmx editconf -f 1AL1.gro -o peptide_newbox.gro -box 4.30795 4.30795 8.6159 -center 2.153975 2.153975 6.461925
# 将蛋白和环己烷分子层结合在一个box里
gmx solvate -cp peptide_newbox.gro -cs chx_newbox.gro -o peptide_chx.gro
# Expanding the Box
gmx genconf -f chx_10ns.gro -nbox 2 2 2 -o chx_bigbox.gro
# an expanded layer can be created along the x-y plane with a slightly different command
gmx genconf -f chx_10ns.gro -nbox 2 2 1 -o chx_biglayer.gro
Reference：
http://www.mdtutorials.com/gmx/biphasic/
