慢慢沉淀下来
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htseq-count的坑 htseq-count的坑
  最近在跑RNA-seq碰到一个自己挖的坑,samtools将sam文件转为二进制的bam文件并排序,默认是按照pos进行排序的。htseq-count默认的输入sam|bam是按照name排序的,这样就导致了一个问题
2024-09-27 zhangchaofan
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linux查看GPU状态 linux查看GPU状态
在日常的训练过程中,你可能需要经常查看当前GPU的使用状态(类似于Linux的Top)。有很多命令可以做到。 1. nvidia-smi  这个命令是基础,一般你系统装完CUDA都会有。这里详细的记录了当前系统的GPU数
2024-08-25 zhangchaofan
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Circos example Circos example
Circos流程记录  最近要用到Circos进行绘图,因此进行记录,方便下次绘图。 0. 软件安装  Circos基于Perl,所以我们需要进行大量Perl包的安装。当然,秉着赌狗的心理,我们看看能
2023-12-29 zhangchaofan
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SYRI Synteny and Rearrangement Identifier SYRI Synteny and Rearrangement Identifier
使用SYRI鉴定基因组变异及可视化1.调整两条比对基因组的染色体方向SYRI对比对的基因组有非常严格的要求: 两个基因组的染色体ID必须一一对应(同源染色体ID必须一致,染色体数量也必须一致,染色体ID不能是数字); 同源染色体stra
2023-12-29 zhangchaofan
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ncRNA-annotation ncRNA-annotation
1.conda 环境配置# conda env conda create -n ncRNA conda activate ncRNA # download infernal conda install -c bioconda infern
2023-10-02 zhangchaofan
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manual_genome manual_genome
1.引言    我们在基因组的组装过程中可能需要手动检查的情况,直接对初始的组装结果进行手动矫正,而这个脚本就是用来做这个的。这些都是在原序列的基础上操作的,我检查了几个例子是没问题的,但是用的时候还
2023-08-25 zhangchaofan
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Install R-packages from github Install R-packages from github
一些常用的从 github 上安装 R 包的方法: # 1. devtools install.packages("devtools", dep=TRUE) library(devtools) install
2023-08-14 zhangchaofan
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fungiMatingType fungiMatingType
0.前言  在做真菌的一些生信分析中,可能需要真菌的繁殖方式的信息。真菌的繁殖方式主要有两种:同宗配合与异宗配合,自然界中绝大多数的情况下都是异宗配合。控制真菌交配型的基因主要有两种: MAT1-1 和 MAT1-2,异
2023-07-10 zhangchaofan
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Genomic Evolutionary Rate Profiling(GERP) Genomic Evolutionary Rate Profiling(GERP)
用来简单记录下GERP的过程,方便后续再次使用。 1. 环境准备# 下载cactus ## 一般在自己本地的soft文件夹下进行 wget https://github.com/ComparativeGenom
2023-06-11 zhangchaofan
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