慢慢沉淀下来
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fungiMatingType fungiMatingType
0.前言  在做真菌的一些生信分析中,可能需要真菌的繁殖方式的信息。真菌的繁殖方式主要有两种:同宗配合与异宗配合,自然界中绝大多数的情况下都是异宗配合。控制真菌交配型的基因主要有两种: MAT1-1 和 MAT1-2,异
2023-07-10 zhangchaofan
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Genomic Evolutionary Rate Profiling(GERP) Genomic Evolutionary Rate Profiling(GERP)
用来简单记录下GERP的过程,方便后续再次使用。 1. 环境准备# 下载cactus ## 一般在自己本地的soft文件夹下进行 wget https://github.com/ComparativeGenom
2023-06-11 zhangchaofan
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population_items population_items
群体遗传学概念我的记忆力实在是太差了(金鱼?.?),为了更深一步的巩固自己的记忆,加深一些概念的理解,固有此。本人能力有限,如理解有问题恳请及时纠正! 1. π (pi) 核苷酸多样性用来衡量核苷酸多样性的大小,越大,说明群体多样性越高。目
2023-05-24 zhangchaofan
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basicMathematicalOperations basicMathematicalOperations
第二章 基本数学运算第一讲简单的介绍了numpy的一些常用的属性和使用matplot绘制曲线图、修改曲线的类型、添加图例lable和更改x|y轴坐标等。详细参数说明 import numpy as np import matplotlib.
2023-05-18 zhangchaofan
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fungiNanoAssemble fungiNanoAssemble
这是一个交链孢霉属物种三代Nano数据基因组组装注释流程这篇博客基于前面那个二代数据组装注释的博客,所以很多细节直接省略了,这里只是简单记录三代Nano数据的组装过程。 0.环境准备环境准备是最头疼的过程。后面再看有没有时间单独讲一下Fun
2023-05-05 zhangchaofan
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Newton_iterative Newton_iterative
0.背景惊讶的发现,在过去的一年里,我的python编程技巧几乎没有进步。为了提高编程能力和拥抱AI时代,有必要加强python在真正的数值分析方面的能力,因此开始学习鸣凤老师的课程 第一节课主要讲解了牛顿迭代法求根的python实现,我们
2023-04-15 zhangchaofan
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fungiGenomeAssembleAnnotataion fungiGenomeAssembleAnnotataion
这是一个交链孢霉属物种二代数据基因组组装注释流程0.环境准备conda create -n genome_assemble conda activate genome_assemble conda install fastqc fastun
2023-03-26 zhangchaofan
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mitogenomeAssembleAnnotataion mitogenomeAssembleAnnotataion
真菌线粒体基因组的组装及注释最近在做真菌基因组的组装注释工作,发现之前组装的线粒体基因组有点问题(基因注释只注释出来 rRNA,长度也不太对),然后重新组装注释一下。主要还是利用NCBI上已有的Alternaria mitochondrio
2023-03-26 zhangchaofan
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SIFT4G的使用 SIFT4G的使用
SIFT4G的安装与使用  最近一个月状态有点不太对,有点控制不住自己的情绪。以后要是心情烦躁就写写博客吧!还能巩固知识。   SIFT4G的前身是sift,都是同一个东西,用来评估基因突变的有害程度
2021-12-09 zhangchaofan
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