慢慢沉淀下来
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population_items population_items
群体遗传学概念我的记忆力实在是太差了(金鱼?.?),为了更深一步的巩固自己的记忆,加深一些概念的理解,固有此。本人能力有限,如理解有问题恳请及时纠正! 1. π (pi) 核苷酸多样性用来衡量核苷酸多样性的大小,越大,说明群体多样性越高。目
2023-05-24 zhangchaofan
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basicMathematicalOperations basicMathematicalOperations
第二章 基本数学运算第一讲简单的介绍了numpy的一些常用的属性和使用matplot绘制曲线图、修改曲线的类型、添加图例lable和更改x|y轴坐标等。详细参数说明 import numpy as np import matplotlib.
2023-05-18 zhangchaofan
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fungiNanoAssemble fungiNanoAssemble
这是一个交链孢霉属物种三代Nano数据基因组组装注释流程这篇博客基于前面那个二代数据组装注释的博客,所以很多细节直接省略了,这里只是简单记录三代Nano数据的组装过程。 0.环境准备环境准备是最头疼的过程。后面再看有没有时间单独讲一下Fun
2023-05-05 zhangchaofan
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Newton_iterative Newton_iterative
0.背景惊讶的发现,在过去的一年里,我的python编程技巧几乎没有进步。为了提高编程能力和拥抱AI时代,有必要加强python在真正的数值分析方面的能力,因此开始学习鸣凤老师的课程 第一节课主要讲解了牛顿迭代法求根的python实现,我们
2023-04-15 zhangchaofan
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fungiGenomeAssembleAnnotataion fungiGenomeAssembleAnnotataion
这是一个交链孢霉属物种二代数据基因组组装注释流程0.环境准备conda create -n genome_assemble conda activate genome_assemble conda install fastqc fastun
2023-03-26 zhangchaofan
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mitogenomeAssembleAnnotataion mitogenomeAssembleAnnotataion
真菌线粒体基因组的组装及注释最近在做真菌基因组的组装注释工作,发现之前组装的线粒体基因组有点问题(基因注释只注释出来 rRNA,长度也不太对),然后重新组装注释一下。主要还是利用NCBI上已有的Alternaria mitochondrio
2023-03-26 zhangchaofan
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SIFT4G的使用 SIFT4G的使用
SIFT4G的安装与使用  最近一个月状态有点不太对,有点控制不住自己的情绪。以后要是心情烦躁就写写博客吧!还能巩固知识。   SIFT4G的前身是sift,都是同一个东西,用来评估基因突变的有害程度
2021-12-09 zhangchaofan
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从FASTA文件中提取特定ID序列 从FASTA文件中提取特定ID序列
从 FASTA 文件中提取特定 ID 的序列一、说明  在日常的工作中,我们经常会遇到:从某个物种总的 cds 序列或者 pep 序列中提取我们感兴趣特定 ID 序列这样的问题。比如我知道某个基因家族所有序列的 ID 名
2021-10-10 zhangchaofan
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ROSALIND-多条序列连续公共子串 ROSALIND-多条序列连续公共子串
多条序列连续公共子串一、背景   这道题是ROSALIND上的一道题,感觉挺有趣的,就整整。题目放下面了:    在整这道题之前,先来点预备知识,在寻找多序列的公共子串之前,先了
2021-03-10 zhangchaofan
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bilibili弹幕词云 bilibili弹幕词云
bilibili弹幕词云工作原理​ 1.到B站获取cid ​ 2.根据cid获取弹幕数据 ​ 3.用python获得数据 ​ 4.数据的清洗 ​ 5.生成词云 一、获取视
2021-01-30 zhangchaofan
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